नेपाल सरकारका जिल्लास्थित कार्यालयहरुलाई रकम निकासा दिने, आन्तरिक लेखापरीक्षण गरी प्रतिवेदन गर्ने र विनियोजन, राजश्व तथा धरौटीको एकीकृत वित्तीय विवरण तयार गरी महालेखा नियन्त्रक कार्यालयमा पेस गर्ने समेतका कार्य सम्पादनका लागि आय व्यय संचालन कार्यविधि नियमावली, २०३८ बमोजिम वि.सं.२०३८ साल श्रावण १ गते देखि महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रतिनिधिको रुपमा जिल्लास्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरुको स्थापना हुने क्रममा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, जाजरकोटको वि.सं.२०३९ सालमा स्थापना भएको हो ।

जिल्लामा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय स्थापना हुनु पूर्व मालपोत कार्यालयबाट निकासा दिने काम हुने गरेको थियो । तत् पश्‍चात केन्द्रीय निकायबाट ड्राफ्ट मार्फत रकम उपलव्ध गराउने व्यवस्था थियो । वि.सं. २०३८ सालपछि जिल्लास्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरू स्थापना गरी चौमासिक निकासा र आ.व. २०५१/०५२ देखि मासिक सोधभर्ना निकासा दिने प्रणालीको विकास भयो ।समयक्रमसँगै सूचना प्रविधिमा भएको विकासलाई आत्मसात गर्दै मुलुकको सार्वजनिक वित्तीय व्यवस्थापनलाई प्रभावकारी बनाउन वि. सं. २०६७ देखि इन्टरनेट प्रणालीमा आधारित एकल खाता कोष प्रणाली (Treasury Single Account-TSA) लागू गरी भुक्तानी कार्यालयहरुको माग अनुसार खर्च जनाई  Electronic Fund Transfer-EFT तथा आवश्यक्तानुसार चेक जारी गरी रकम उपलव्ध गराउने,  धरौटी हिसाव एकल खातामा जम्मा गर्ने र खर्च लेख्‍ने तथा राजश्व हिसावलाई समेत एकल खातामा जम्मा गर्ने व्यवस्था हुँदै आएको छ ।

यसैगरी जिल्लास्थित सरकारी कार्यालयहरूलाई Computerize Government Accounting System (CGAS), Public Assets Management System (PAMS) संचालनका लागि युजर आइडी र पासवर्ड  वितरण गर्ने, कार्यालयको खाता संचालनको लागि दस्तखत नमूना कार्ड प्रमाणित गर्ने लगायतका कार्यहरू यस कार्यालयबाट सम्पादन हुने गर्दछन्।